Probablement résidence Celtique puis villa gallo-romaine ( le nom viendrait de celui d’un légionnaire romain : Cuiserius ), l’histoire connue de Cuisery débute au XIème siècle : les Sires de Bagé – puissants seigneurs – créent une Châtellenie dont dépendaient 32 villages alentour.
En 1272 un mariage entre Sybille de Bagé et Amédée V. de Savoie fait passer la Châtellenie à la maison de Savoie, mais suite à un échange en 1289 celle-ci devient la propriété du Duc de Bourgogne. Les offices religieux étaient célébrés dans l’église St Pierre ( dont il ne reste plus que le choeur ), la nef ayant été détruite au moment de la construction des remparts.
La ville de Cuisery est alors fortifiée, des échauguettes, trois poternes et un château fort flanqué de quatre grosses tours complètent sa protection. Les principaux capitaines châtelains furent alors Renaud de Verrey, Philippe de Valois et Girard de Thurey qui avaient droit de battre la monnaie.
Après le rattachement de la Bourgogne à la France en 1477, cette importante seigneurie devient la Châtellenie Royale de Cuisery, Girard de Thurey chevalier de Montrevost fonda une chapelle desservie par 6 chapelains : c’est à cet emplacement que sera édifiée à partir de 1504 l’église Notre-Dame à l’architecture Renaissance remarquable.
Les capitaines châtelains étaient chargés de protéger la population dans leur château fort, de rendre la justice, de percevoir l’impôt pour le compte du Duc de Bourgogne et du Roi de France ; on relève alors les noms de Nicolas de Gaulle puis de Gaspard de Gaulle au XVIème siècle, qui pourraient peut-être avoir un lien plus ou moins lointain avec le Général de Gaulle.
Cuisery, ville frontière très influente aura la visite de Philippe le Hardi Duc de Bourgogne et de François Ier Roi de France.
Malheureusement elle est souvent entre deux ennemis et se trouve assiégée puis saccagée et brûlée à plusieurs reprises au XVème et XVIème siècle : par les Armagnacs en 1422, les troupes de Louis XI en 1477. Elle subira les guerres de religion en 1568 ( les six chapelains seront égorgés ), la Ligue en 1592, la Fronde en 1652 et pour terminer les destructions religieuses de l’époque révolutionnaire.
Avant la révolution, Cuisery possèdait une compagnie du jeu de l’Arquebuse ( héritée d’une ancienne compagnie d’arbalétriers très adroits ), qui s’entraînait dans les fossés de la ville proches de la Place d’Armes actuelle. Malgré toutes ces vicissitudes, Cuisery a réussi à redevenir tout au long de son histoire, une ville prospère où il fait bon vivre.